目次
コンピュータ・シミュレーションの今日的な役割―次世代スパコン時代の最強研究ツール
コンピュータ・シミュレーションとは何か―分子動力学（ＭＤ）計算のあらまし
運動方程式の一般的な表し方―並進運動を記述するための基礎
複雑な分子運動を表す運動方程式―回転運動を記述するための基礎
分子間に働く力―分子間相互作用の求め方
運動方程式の数値計算法―数値的に解くための基礎
長距離力の取り扱い方（１）―エワルドの方法と相互作用計算の高速化
長距離力の取り扱い方（２）―大規模系に適した高速多重極展開法
アンサンブルの発生―温度と圧力を制御する方法
拘束条件つきの運動方程式の解き方―拘束の動力学の数値計算法〔ほか〕
著者等紹介
岡崎進［オカザキススム］
１９５４年岡山県生まれ。１９８２年京都大学大学院工学研究科工業化学専攻博士課程修了。現在、名古屋大学大学院工学研究科化学・生物工学専攻教授。専攻はコンピュータ・シミュレーション、理論化学、物理化学。工学博士
吉井範行［ヨシイノリユキ］
１９７０年大阪府生まれ。１９９９年東京工業大学大学院総合理工学研究科電子化学専攻博士課程修了。現在、姫路獨協大学薬学部医療薬学科准教授。専攻はコンピュータ・シミュレーション、計算化学。博士（理学）（本データはこの書籍が刊行された当時に掲載されていたものです）
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感想・レビュー
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osamutkrd
1
MDシミュレーションの基礎から最新研究まで、かなり丁寧に解説されている名書。名古屋大学岡崎先生の本。 シミュレーションでは現実世界をコンピュータ上に再現する際に、 いくらスパコンを使ってマシンスペックを上げたとしても、 現実と同じ数の原子数を動かすことはできないので、 そこにどのような近似が入っているのか、 その原理について理解をしていないと、正しい結果なのかの判断をすることができない。 その原理や背景知識をかなり丁寧に、かつわかりやすく説明されていて、 まさに読みたかった教科書であった。 通読したこと2014/07/26
とみー
0
MDのポテンシャルの高速計算の方法や温度や圧力制御をMDでどのように行っているのかなどがとても詳しく書かれているのがありがたいです。反面、NAMDで使われているランジュバンなどの方法は書かれていないので、別途勉強する必要がありそうです。2016/01/10
